Mikroklima Prčjega dola je postopno hladnejša in vlažnejša kot zunanja, ta sprememba se kaže tudi na rastlinju, tako da se od črnega gabra in jesena na zunanjem robu ob spuščanju preide na cer in navadni gaber. Na dnu kotanje je kal, najbolj znan po vsem Krasu; na njegovih bregovih rasejo številne divje rastline, kot so lokvanji in podvodni trpotec, ali pa rastline, ki jih je zasadil človek, kot so bela in grška jelka, navadna smreka, vrba ali iva in vrba žalujka. Kal je bil v preteklosti priljubljen tudi kot zimsko drsališče, globok je 3 m in dosega 38 m največjega možnega obsega. Oblikoval se je verjetno zaradi neprepustne struge iz fliša in sedimentov kompaktne rdeče zemlje. Prčji dol je zaradi sveže klime idealen cilj za izletnike v poletnem času. Od leta 1984 je območje zaščiteno zaradi številnih redkih živali, predvsem dvoživk in kačjih pastirjev.
